Zotero es una extensión libre para el navegador Firefox, que permite a los usuarios recolectar, administrar y citar investigaciones de todo tipo de orígenes del navegador. Su nombre proviene de la palabra albanesa zotëroj que significa "poseer/dominar". Su objetivo es reemplazar aplicaciones más tradicionales de administración de referencias, originalmente diseñadas para ajustarse a las demandas de la investigación offline.

En muchas páginas web de investigación conocidas como bibliotecas digitales, Pub Med, Google Scholar o incluso Amazon, Zotero detecta cuando un libro, artículo u otros recursos están siendo consultados y con un click del ratón encuentra y guarda la información completa de la referencia en un fichero local. Si el origen es un artículo en línea o una página web, Zotero puede opcionalmente guardar una copia local. Los usuarios pueden entonces añadir notas, etiquetas, y sus propios metadatos a través de un interfaz en el propio navegador. Selecciones de los datos de la biblioteca local de referencia pueden ser posteriormente exportados como bibliografías en diferentes formatos. (Wikipedia)

Se puede consultar en esta dirección, una lista de direcciones compatibles con Zotero

Hay varias maneras de exportar los ítems de nuestra colección. Zotero puede generar bibliografías en archivos con formato rtf y html, o directamente con Microsoft Word y Open Office a través de los plug-ins de MS Word y Open Office. También podemos arrastrar uno o varios de nuestros ítems dentro de cualquier documento de texto, generando así referencias completamente formateadas. Usando este método resulta muy sencillo exportar desde Zotero a aplicaciones como Google Docs. Zotero también nos permite exportar nuestra colección a otras herramientas bibliográficas como Endnote o Refworks.

Un completa de guia en español la puedes encontrar aqui y una excelente simulación de como instalarlo y sus funcionalidades que no  podeis dejar de ver,  aqui

También  puedes consultar esta presentacion de Julio Alonso Arévalo, sobre esta extraordinaria herramienta 

Consejos:

• Aunque la version estable actual es la 1.09, aconsejo que probeis la beta 1.5 que es lo suficientemente estable y que aumenta las posibilidades de su anterior version de forma considerable
• Las normas de Vancouver no están por defecto y en el video de simulación propuesto se muestra como incorporarlas a Zotero